中醫的診斷是一種特殊的學問，與西方醫學憑藉物理、儀器及化學分析的理論系統截然不同。中醫的形成以哲學為根基，古人以陰陽發明易學，陰陽之分，創立了邏輯學，也是比較邏輯之始，而非玄學。「醫者理也」、「為醫須明理」，漢張仲景將前代思想方法歸納寫了一部《傷寒論》，從陰陽出發，以六經分型外感疾病的診斷，明白說出病證的寒熱、表裡、虛實的分際，作為臨床辨證的準繩，由此可看出比較推理的精神，是一門源於哲學、方法科學，以理來診斷的學問。中醫有其診斷方法，臨床用之符合科學，許多病理現象的發現，也多先於西方醫學。

「傳變」也是中醫也是另一個重要的診斷思維，人體的實質其價值在有生命；所生疾病是賦有生命的實體表現出來的乖象，而乖象不停在變化，因此中醫的診斷一方面要診察病人的實體；一方面要診斷了解發病的原因及疾病的變化機制。體質不同，所生病證常有差異，所以用藥重視靈活變通；疾病發生，有其不同原因，有的病從外來，有的病從內生，探求病因，才可找到根治之法。病的因素沒有除去，病象必淹纏不清，反覆不欲；再者，疾病發生後，常有變化，昨日證象和今日不同，明日可能又不一樣，從病理機制知道病的傳變，如傷寒論之六經、溫病的衛氣營血，才是最合理的診斷方法。